APPAREILS
– gÉNomique

  & TRANSCRIPTOMIQUE

NextSeq 550

 

Le NextSeq 550 génère jusqu’à 400 millions de single-end reads/run High output ou 130 millions de single-end reads/run Mid output.

 

La principale application proposée est l’analyse du transcriptome (RNA-Seq) codant après sélection polyA ou total par déplétion ribosomique ou en cellule unique.

 

L’appareil a également les capacités pour gérer des projets de séquençage des petits ARNs (miRNAs), d’amplicon ou de panel, d’exome et de ChIP (immunoprécipitation de la chromatine). La mise en place de protocole pour ces applications se fait au fur et à mesure des demandes et des spécifications de chaque projet.

 

 

 Recommandations de séquençage :

Etudes

Mesures

Taille et quantité de reads/échantillon

Nombre d’échantillons/run

Mid output 130Mreads

High output 400Mreads

mRNA-Seq

Transcriptome Codant

2X75pb

25 M

4

16

Total RNA seq

Transcriptome Codant et non codant

2X75pb

50 M

2

8

 

Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse

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