Bio-informatique

LE PLATEAU

UN PLATEAU DÉDIÉ…

A l’exploitation de vos données ou de données déjà existantes jusqu’à leurs valorisations.

Le plateau vous propose d’analyser vos données avec des outils existants mais également peut développer des méthodes et outils originaux spécifiques à vos besoins.

Le plateau de bio-informatique vous accompagne dans l’exploitation de vos données ou de données déjà existantes, jusqu’à la mise en forme, la valorisation des résultats et la rédaction de publications.

Notre plateau a accès à deux super-calculateurs : GénoToul  et CALMIP.
Grâce à ces partenaires, que nous remercions, nous bénéficions d’une grande puissance de calcul.

 

 

LES LANGAGES UTILISÉS…

R

Langage particulièrement adapté aux statistiques et aux représentations graphiques

PYTHON

Langage qui peut s’utiliser dans de nombreux contextes, très répandu dans le monde scientifique. Il possède une bibliothèque spécifique pour la biologie.

PERL

Le langage le plus puissant pour extraire des données texte.

Perl est utilisé en linguistique. Langage très intéressant pour automatiser les taches répétitives sous Linux.Protéomique

JULIA

Langage de programmation de haut niveau et à haute performance pour le calcul numérique. Créé par le MIT en 2012, ce langage très récent approche la vitesse du C en calcul.

GO

Ce langage a été développé par Google pour remplacer le C/C++. Particulièrement performant en multithreading, ce langage produit également des programmes portables et simples à installer grâce à la cross-compilation.

Nous choisissons le langage suivant votre projet.

Ces nouveaux outils peuvent faire l’objet de publications et sont à votre disposition.

+

Les expertises

SINGLE CELL RNASEQ
ET SPATIALE TRANSCRIPTOMIQUE

De l’alignement des séquences jusqu’à l’analyse approfondie, nous vous accompagnons et mettons à votre disposition des outils simples pour leurs exploitations.


TRANSCRIPTOMIQUE

 

Quelle que soit la technologie (Nanostring, puce, RNAseq) nous vous proposons des analyses adaptées à vos demandes, telles que différentiel d’expression ou analyse de pathways.

REPRESENTATION
GRAPHIQUE

 

Cartes t-SNE et UMAP, vulcano plot, box plot, violine,heatmap, radar plot, courbes de ROC, courbes de survie, etc… suivant vos besoins.

 

PROTEOMIQUE

Traitement de données DDA et DIA

 

Et plein d’autres choses : N’hésitez pas à nous contacter pour plus d’information concernant notre champ d’expertise.

Les membres du plateau

Marie Tosolini

Ingénieur ou Technicien

 

Frédéric Pont

Ingénieur ou Technicien

 

Marion Perrier

Ingénieur ou Technicien
 
 

Juan-Pablo Cerapio Arroyo

Ingénieur ou Technicien

 
 
Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse

Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (Oncopole)

Toulouse - FR

Nous contacter

05 82 74 15 75

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