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Mission principale

La personne recrutée aura pour mission principale d’analyser les données issues des technologies de séquençage NGS (RNAseq cellules uniques ou bulk), du démultiplexage aux analyses et visualisation des résultats.
La prise en charge et l’analyse d’autres types de données (microarray, methylome, séquençage Long Read, technologie Olink…) sont demandées plus ponctuellement.
Elle pourra accompagner les utilisateurs dans l’utilisation des logiciels.

Activité principales

• Réaliser et/ou encadrer la réalisation des analyses bioinformatiques du séquençage de nouvelle génération (NGS) principalement pour caractériser les profils génomiques et d’expression génique des cellules
• Concevoir et implémenter de nouveaux pipelines et/ou méthodes pour l’acquisition et le traitement des données (RNA-seq, DNA-seq, Single-Cell)
• Conseiller les utilisateurs sur les possibilités et limites des outilsl disponibles
• Communiquer les résultats dans des rapports scientifiques, des séminaires et participer à la rédaction des articles scientifiques
• Participer à des réseaux professionnels d’échange de compétences
• ppliquer et faire appliquer les bonnes pratiques en matière de développement logiciel, d’usage des ressources informatiques et de gestion de la donnée
• Gérer l’activité administrative et financière du plateau de bio informatique dans un contexte de certification ISO 9001 et NFX 50-900

Expérience(s) souhaité(s)

Une expérience dans le domaine est requise. Une expérience en plateforme serait un plus.

Niveau de diplôme et formation(s)

• Bac +5 à Bac+8
• Informations Générales
• Date de prise de fonction : Février 2026
• CDD 12 mis renouvelable
• Date limite de candidature : 21 novembre 2025
• Envoyer CV et lettre de motivation à pierre.cordelier@inserm.fr

Fiche de poste à télécharger

Mission principale

Sous la responsabilité du Directeur du Pôle Technologique (PT) et encadré.e par une Ingénieure de recherche, l’Ingénieur.e de recherche vise à augmenter le potentiel du plateau d’Imagerie pour répondre à des besoins croissants en analyse d’images et de données issues des approches de biologie spatiale.
L’ingénieur.e travaillera en interaction avec les différentes équipes du centre et contribuera activement au développement de stratégies analytiques innovantes. La personne recrutée pourra, en plus, bénéficier de la présence sur site de l’équipe projet de l’Institut de Recherche en Informatique de Toulouse pour développer ses compétences en analyse d’image.

La plateforme dispose d’une gamme variée de microscopes qui permettent de couvrir un large éventail de techniques et réalisent des observations à différentes échelles :
Pour l’imagerie structurelle et vivante :

• 2 microscopes confocaux à balayage laser : LSM780 – LSM980 Airyscan2
• 1 microscope confocal à disque rotatif spinning disk : Cicero sur Zeiss Axio-observer Z1 1 système d’imagerie à haut débit (HCS) : PerkinElmer Opera Phenix
• 1 système d’imagerie entièrement automatisé pour cellules vivantes : IncucyteS3

Pour l’imagerie spatial-protéomique :

• 1 Phenocycler-Fusion (Akoya)

Activité principales

Analyse et traitement des bioimages

• Réaliser l’analyse d’images issues des différentes technologies du plateau (ImageJ/Fiji, Imaris, stations d’analyse, etc.).
• Développer des pipelines d’analyse d’images et de traitement de données pour extraire de manière automatisée et robuste les informations pertinentes.
• Intégrer des approches récentes (intelligence artificielle, deep learning, machine learning) pour améliorer la segmentation, la quantification et l’interprétation des données.

Analyses de données en bioinformatique et spatial-omics

• Traiter et analyser les données de biologie spatiale, depuis les données brutes jusqu’à la restitution et l’interprétation des résultats.
• Développer et adapter des outils d’analyse spécifiques pour les données multi-omiques spatiales.
• Participer aux projets scientifiques en collaboration avec les équipes de recherche du CRCT

Expérience(s) souhaité(s)

Une expérience dans le domaine de la microscopie est fortement souhaitée.

Informations Générales

• Bac +5 à Bac+8
• Date de prise de fonction : Janvier 2026
• CDD 12 mis renouvelable
• Date limite de candidature : 201 décembre 2025
• Envoyer CV et lettre de motivation à laetitia.ligat@inserm.fr

Fiche de poste à télécharger