Miguel Madrid-Mencía

Miguel Madrid-Mencía
Nationalité / Nationality :
Espagne
Équipe(s) / Team(s)
N° tel / Phone number :
Email :
miguel.madrid-mencia@inserm.fr
Réseaux sociaux / Social networks :
Ingénieur ou technicien / Engineer or Technician
Inserm

Missions :

Mise en place et gestion de zéro de la partie technique de l’équipe bioinformatique (+10 personnes). Ressources informatiques, serveurs Linux, postes de travail, fourniture de logiciels et déploiements avancés avec Ansible et Vagrant Accompagnement technique et pédagogique des étudiants, doctorants et post-doctorants
Elaboration et collaboration pour plusieurs publications Intégration multi-omique de bases de données telles que TCGA, COSMIC, Dorothea, Reactome, Pubmed et PMC pour l’analyse en oncologie Développement de pipelines d’apprentissage automatique l’aide de R/tidyverse Python/scikit-Learn, Snakemake, Git, Conda, Singularity et Docker pour assurer la reproductibilité des données Application d’un nombre très varié d’analyse de voies d’enrichissement (FGSEA, GSEA, GSVA, clusterProfile), d’analyse de facteurs de transcription (Viper, msViper), d’analyse de mutations (maftools) et de nombreuses autres bibliothques BioConductor et BioPython
Création d’intrigues et de figures élaborées pour les publications avec R/ggplot2 Analyse exploratoire de text mining de Pubmed et PMC
Création d’interfaces web interactives et de microservices vers les outils bioinformatiques pour être accessibles par la communauté de recherche. https://pancaldi.bsc.es/garden-net/

Expertises et mandats / Expertises and mandates :

Ingénieur informaticien interdisciplinaire spécialisé en technologies de l’information avec un master en bioinformatique et biologie computationnelle.
Axé sur l’analyse et l’étude des interactions des données biologiques en appliquant les statistiques et l’apprentissage automatique.
Fortes capacités de gestion de systèmes et serveurs Linux pour des groupes de recherche transversaux et multilingues.

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