nCounter Analysis System

Analyse en panel de l’expression des gènes par quantification directe (Nanostring Technologies)

Cette technologie permet principalement la quantification directe de l’expression génique jusqu’à 800 cibles, sans amplification. C’est un intermédiaire entre la qPCR et les puces Transcriptomes ou le séquençage NGS. Elle présente l’avantage de fonctionner sur ARN dégradés.

Cette technologie repose sur l’utilisation de codes-barres fluorescents associés à des sondes ciblant des gènes d’intérêt.

Il existe de nombreux panels (humain, murin) pré-établis ciblant certaines voies ou maladies comme l’inflammation, l’immunologie, le cancer, les neuropathologies, les maladies auto-immunes, les miRNA… Il est possible de rajouter des cibles d’intérêt aux panels pré-établis. Il est également possible de faire établir son propre panel avec des cibles d’intérêt, notamment pour d’autres espèces ou pour tester une signature génique. La société Nanostring réalise le design des sondes.

Les quantités d’ARN nécessaires sont comprises entre 50 et 300ng environ en fonction du panel et de la qualité de l’échantillon. Le format minimal d’utilisation est 12 échantillons.

Nanostring propose d’autres types d’applications comme la quantification de CNV (Copy Number Variation), la détection de fusion de gènes…

L’accès à cette technologie se fait par prestation de projet et devis spécifique.