Mme Frédérique Vidal, Ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, ainsi que le Secrétariat général pour l’investissement ont publié un communiqué de presse officialisant la liste des Laboratoires d’Excellence (LabEx) dont le financement vient d’être prolongé. Parmi ces projets prolongés figure le LabEx TOUCAN (Toulouse Cancer) qui va recevoir un soutien de près de trois millions d’euros. A cette occasion, le Professeur Pierre Brousset, responsable scientifique du TOUCAN, fait le point sur le projet.

Quel était le but de TOUCAN ? Que s’est-il passé sur ce projet durant les quelques années qui viennent de s’écouler ?

Le but de TOUCAN a toujours été, depuis le début, de comprendre les mécanismes de résistance des cancers hématologiques au système immunitaire et aux traitements. Nous avons pour cela été soutenu par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) au travers du Programme des Investissements d’Avenir.

Depuis le début effectif du projet en 2012, nous avons suivi 2 axes de travail : le premier sur l’implication de la cellule tumorale et le second sur le rôle du microenvironnement dans la résistance. Plus de 220 publications ont été produites par les équipes impliquées dans TOUCAN, ainsi que de nombreux brevets en rapport avec des découvertes importantes.

TOUCAN a également participé au soutien d‘équipes émergentes du CRCT, a participé à la diffusion du savoir avec le soutien de meetings nationaux et internationaux, et à la formation de jeunes chercheurs Masters, doctorants et post-doctorants.

L’effet levée de fonds a été excellent, puisque schématiquement pour 1 euro investi par l’Agence Nationale pour la Recherche au titre du « Programme des Investissements d’Avenir », ce sont près de 3 euros qui ont été obtenus par les équipes de recherche inscrites dans le projet. TOUCAN a également été un outil d’interface efficace avec les laboratoires privés puisque ROCHE et Pierre Fabre soutiennent des projets TOUCAN sur le microenvironnement, l’immunité anti-tumorale ou le traitement des données des images microscopiques.

Enfin, TOUCAN a été à l’initiative d’un dialogue ayant débouché sur de nouvelles collaborations scientifiques avec un autre programme labellisé au titre des LabEx, CIMI (Centre international de mathématiques et d’informatique) : actuellement, ce sont une dizaine d’articles scientifiques qui sont en cours de rédaction, impliquant des chercheurs de ces deux LabEx.

 

Maintenant que le LabEx TOUCAN est prolongé, quels sont vos nouveaux objectifs ?

Les collaborations que je viens à l’instant d’évoquer illustrent l’importance majeure des analyses big data dans des approches plus intégratives de la biologie des cancers, créant un lien évident entre les deux axes de TOUCAN. Ces big datas sont issues de l’analyse du génome ou du transcriptome et du traitement des images microscopiques permettant une analyse qualitative et quantitative. Notre stratégie dans cette nouvelle phase du projet TOUCAN vise à développer deux plateformes qui permettront de mieux étudier la résistance et l’hétérogénéité tumorale.

La première plateforme fournira des données de transcriptome sur cellules isolées, mettant à profit la technologie single-cell RNAseq. Le Pôle Technologique du CRCT fournira la technologie et le personnel dédié. En association avec cette première plateforme, TOUCAN mettra en place une organisation pour les analyses bioinformatiques chargée d’extraire, de structurer et de collecter les données qui seront déversées dans un lac de données ad hoc, un data lake.

La 2eme plateforme localisée dans le laboratoire de pathologie de l’IUCT-Oncopole sera en charge du traitement des images microscopiques digitalisées. L’investissement rendu possible par la prolongation du TOUCAN va permettre à cette plateforme d’augmenter le débit de production d’images et d’améliorer les procédés de segmentation et de reconnaissance d’objets afin de traiter des images avec des immunomarquages complexes. L’arrivée au CRCT du Dr Vera Pancaldi financée par le laboratoire Pierre Fabre et la Fondation Toulouse Cancer Santé (TCS) à hauteur de 2.3M€ doit permettre de faire de lien entre les deux sources de données via le data lake.

Très concrètement, comment envisagez-vous le soutien aux projets dans le cadre de ce TOUCAN renouvelé ?

Comme son nom l’indique, le programme des Laboratoires d’Excellence a vocation à promouvoir…  l’excellence !

C’est justement cette notion d’excellence que nous souhaitons mettre en avant dans le cadre des projets qui seront soutenus par ce LabEx prolongé. Nous envisageons pour cela de fonctionner par appels d’offres, et ceux dans 2 champs.

Le premier champ est celui de la formation. Les financements obtenus vont nous permettre de lancer, à destination des équipes appartenant au périmètre de TOUCAN, des appels d’offres pour financer 7 bourses de Thèse.

Le second champ est celui du développement et de l’innovation technologique. Sur ce champ, nous allons là aussi jouer le jeu de la compétitivité et de l’excellence en fonctionnant par appels à projets qui, eux, seront ouverts plus largement aux projets cancer du site toulousain. Dans cette action, je suis heureux de pouvoir compter sur le soutien de la Fondation Toulouse Cancer Santé qui abondera à hauteur de 500 000 euros aux 440 000 euros consacrés par TOUCAN à ces 4 à 5 appels à projets.

Pour conclure, en quelques mots, quels résultats concrets attendez-vous avec ce LabEx ?

Ma première attente, c’est d’abord que nous maintenions le niveau d’excellence que nous avons jusque-là connu dans notre production de connaissance scientifique.

Au-delà, je pense que les approches intégratives sur des données massives apporteront une source inépuisable d’informations sur les phénomènes de résistance en cancérologie, informations à haut potentiel de valorisation comme biomarqueurs et cibles thérapeutiques. Enfin, le LabEx TOUCAN va permettre d’assurer à nos étudiants une formation originale, transdisciplinaire, grâce à la mise en place d’un programme doctoral que nous voulons ambitieux.